Choć płyny z chlorheksydyną są niezwykle skuteczne w zwalczaniu zakażeń i stanów zapalnych dziąseł, nie są one przeznaczone do rutynowej, codziennej pielęgnacji przez cały rok. Dentyści zalecają, aby ciągła kuracja trwała maksymalnie od 10 do 14 dni. Przewlekłe stosowanie roztworów z chlorheksydyną prowadzi do powstania trudnych do usunięcia, ciemnobrązowych przebarwień na szkliwie i języku, a także całkowicie zaburza naturalną, pożyteczną mikroflorę bakteryjną jamy ustnej, doprowadzając do przejściowych zaburzeń odczuwania smaku.