Przyczyn zaburzeń miesiączkowania może być wiele. Często do problemu przyczynia się styl życia, w tym stres, przemęczenie fizyczne i psychiczne, przepracowanie czy niedostateczna ilość snu. Zaburzenia miesiączkowania pojawiają się przy nieprawidłowej czy bardzo radykalnej diecie (np. nierozsądne odchudzanie), poza tym wpływać mogą na nie niektóre ze stosowanych przez kobiety leków. Do zaburzeń miesiączkowania przyczyniać mogą się też niektóre choroby, w tym w szczególności zaburzenia pracy tarczycy (nadczynność tarczycy i niedoczynność tarczycy), zespół policystycznych jajników czy polipy.