Osoby ze zdiagnozowaną czynną lub przebytą chorobą wrzodową żołądka i dwunastnicy, nadkwasotą, refluksem czy chronicznymi stanami zapalnymi błony śluzowej przewodu pokarmowego, muszą zachować szczególną czujność. Ibuprofen osłabia naturalną barierę ochronną (produkcję śluzu) wyścielającą ściany żołądka. Przyjmowanie go może prowadzić do silnych podrażnień, bolesnych skurczów, a w skrajnych przypadkach do groźnych krwawień z przewodu pokarmowego. Przy tego typu schorzeniach należy skonsultować z lekarzem wdrożenie terapii osłonowej (np. lekami z grupy IPP) lub całkowitą zmianę leku na bezpieczniejszy dla śluzówki paracetamol. Aby zminimalizować ryzyko, tabletki z ibuprofenem powinno się zawsze przyjmować w trakcie lub tuż po posiłku, popijając dużą ilością wody.